Wurden alle Zylinder schon einer Kompressionsprüfung unterzogen ?
Auch sollte der Kühlerschlauch mal ersetzt werden, und das Kühlsystem neu befüllt und entlüftet werden.
Danach kann man feststellen, ob Abgase von den Zylindern in den Kühlkreislauf gelangen.
Ob die Wasserpumpe noch funktioniert würdest erst merken, wenn das Wasser wieder drin ist, dann müsstest das Kühlsystem nochmal öffnen.
Ich würd die Wasserpumpe einfach auf Verdacht tauschen.