Die äußere Dichtung, die um den Deckel verläuft, ist mehr zur Windgeräuschminimierung, als zur Abdichtung.
Das Schiebedach ist ja auch in der gekippt-Stellung dicht...
Ich würde die Abläufe kontrollieren, Dach auf kipp stellen, dann wasser obendrauf schütten.
Wird es innen dann fühlbar nass, kann das Wasser nicht über die Schweller ablaufen, und deine Abläufe sind zu.
Ansonsten tippe auf die innere Dichtung, Nummer 3 (da ist aber normalerweise auch der Himmel nass)
http://de.bmwfans.info/parts-catalog/E39-Touring/Europe/520i-M52/L-A/apr1999/browse/sliding_roof_folding_top/sliding_lifting_roof_frame/papa_joe_11