Schön, du kannst schon einmal Garantie und Gewährleistung unterschieden :).
Normalerweise fällt dann nur die Garantie auf das Bauteil weg.
Sprich wenn ab Turbolader (Downpipe etc.) verbaut ist, dann fällt ab Turbo (dieser evtl. auch) die Garantie auf die Abgasanlage inkl. Lambda, Kat ... weg.
Um nun ganz sicher zu gehen einfach noch bei BMW direkt (Kundenservice) anfragen und absegnen lassen.
Bei einem Freund seinen VW damals gab es keine Probleme mit geänderter Abgasanlage.
Wenn jetzt also deine Klimaanlage nicht mehr tut, dann wird wohl keine Verbindung für den Defekt zwischen der getauschten Abgasanlage und der Klimaanlage gefunden werden :).