Das mit der Vanos ist v.a. bei den V8-Motoren kritischer. Die M52-Reihensechser sind relativ unkompliziert und halten bei guter Pflege sehr lange.
Beim E39 musst Du auf das Fahrwerk schauen, weil das unterdimensioniert ist. Ausgeschlagene Gelenke (z.B.Querlenker) machen Poltergeräusche, verschlissene Gummis (z.B. Längslenkerlager) merkst Du am unruhigen Fahrverhalten. Der E39, wie von Dir gepostet in komplettem Serienzustand, sollte bei den Eckdaten motorseitig schnurren wie ein Kätzchen und auf der Straße fahren wie auf Schienen.
Rost hat der E39 gerne an der Kofferraumklappe (dort mal die Dichtlippen prüfen und auch in die Reserveradmulde kucken). Außerdem solltest Du die Hebebühnenaufnahmen prüfen (sind noch alle vorhanden, Rost?).
Die Scheinwerfer werden gerne an den Streuscheiben milchig (Steinschläge) und teilweise undicht (ziehen Kondenswasser). Auch das sollte nicht sein.