Ja, im Winter klingt die Klappensteuerung manchmal etwas komisch...hat denk ich jeder Bimmer irgendwann einmal gehabt...Manchmal ist es auch die Luftströmung welche seltsame Geräusche erzeugt, da vielleicht irgendeine Stelle leicht zugefroren ist oder so. Solange alles funktioniert und selbst im tiefsten Winter nach spätestens 20km Fahrt verschwindet ist alles in Butter und ich würde es so lassen. Ob es aber definitiv an der Klappensteuerung liegt, welche zeitlich auf deine Beschreibung passen würde, kannst du testen, in dem du gleich nach dem Starten, das Gebläse bzw. die Klima komplett abschaltest(bis das Display aus ist). Dann schalten die Klappen wieder in die Ruhestellung, was man auch meist durch ein leicht knatterndes Geräusch wahrnimmt.
Vielleicht kann man da was ölen oder schmieren...gut ist es für die Klima vermutlich nicht, das dann anzusaugen und der Arbeitsaufwand kann evtl. enorm sein.
Kann aber vllt. auch an etwas ganz anderem liegen...mach mal den Test mit dem Ausschalten der Belüftung und berichte von deiner Beobachtung ;-)