Sagen wir mal so: in Tschechien kannst Du das Ganze mit (günstig(er)) tanken verbinden, kannst aufn Markt und (günstig) Kippen kaufen - und wenn Du Lust bekommst, erlangst Du auch günstig Befriedigung... *ggggggggggg*
Ernsthaft: ich kenn die Strecke bzw. Lage recht gut. Und würd durch Deutschland fahren. Schon aus dem Sicherheitsgedanken. Also von Nordhausen die A38 bis Leipzig, dann auf die A9 Richtung Hof, dort auf die A93 Richtung Regensburg und dann auf die A3 Richtung Passau. Abgesehen von der A9 (und der A38 - bzw. weiss ich zu der nix; die bin ich das letzte Mal 2008 gefahren - und da fehlte was) sind das wirklich schöne Straßen, auf denen so gut wie nix los ist. Auch die A3 zwischen Regensburg und Passau ist nicht überfüllt. Nachts sowieso nicht. Klar: durch Tschechien sparst Du sicher einiges (wohl so 150 km), aber wie gesagt... grad nachs hätt ich net wirklich Lust, durch Tschechien zu düsen - und da schlimmstenfalls liegenzubleiben. Und in Tschechien is nix mit Richtgeschwindigkeit. Auf der A93 und der A3 kannst Du - unterstellt, es is frei - es ordentlich krachen lassen.
Die deutsche Alternativ-Route, also Nordhausen - Leipzig - Hof - Nürnberg - Regensburg - Passau, würd ich an Deiner Stelle nicht fahren. Um Nürnberg rum is meistens was, und derzeit auch Baustelle - und die A3 zwischen Nürnberg und Regensburg im Bezug auf Streckenführung und Verkehr absolut zum Kotzen.