Ich hab vor nem Jahr bei mir auch neue Seitenscheiben eingebaut. Zwar beim Cabrio, aber dürfte in etwa gleich sein.
Du musst mal schauen, ob die nicht irgendwie verhaken, wenn sie nicht richtig in der Führung sind, das könnte das Problem sein.
Die Schrauben der Schiene (B-Säule), in der die Scheibe läuft, habe ich unten gelöst, so das sie sich etwas zur Seite biegen liess. Probier mal bissel dran rum, wird schon klappen.
Mein Cabrio