Heckklappe bzw. Unterkante ist ein bekanntes Problem.
Hier ist es noch einfacher und günstiger mit dem beseitigen.
Rost wirst du wahrscheinlich so leicht nicht mehr los.
Bei den Scheiben kann ich mir vorstellen, dass diese bzw. die Dichtung Probleme bereiten könnten bei der Beseitigung (man kommt schlecht hin) und es kann dahinter noch richtig blühen.
Beilackieren wird am Dach auch schwer .
Ich würde einmal eine Lackiererei , Smart-Repair Betrieb oder ähnliches aufsuchen und mich beraten lassen.
Ob es sich an einem E36 noch lohnt musst du selbst entscheiden.