Ein bissle mehr Geduld wirst Du vor allem brauchen ;)
Leider kenne ich mich beim E39 5er gar nicht aus.
Jedaoch aus meinem bissle Erfahrung heraus würde ich bei dem Hinweis "einteiliges Casettenreadio" und "zweiteiliges CD-Radio" spontan denke das Du irgendwie ne andere Blende oder nen anderen Radioschacht brauchst um das Teil zu montieren.
Was jetzt die Pins angeht, da gab es tatsächlich Unterschiede bei den BMW Modelle je nach Baujhar der Fahrzeuges und des Radios.
Das einfachste wäre wohl die Stecker und Anschlüsse der beiden Geräte zu vergleichen um zu wissen ob es dann passt ;)
Heißt Dein Radio raus und gegeuckt was für Anschlüsse dran sind (runde oder flache Pins).
Für den dümmsten Fall nehme ich aber an das es auch irgendwo passende Adapter gibt.
Wie gesagt, hab noch etwas Geduld, vielleicht meldet sich dann auch jemand der sich beim E39 aus Erfahrung her auskennt ...