Ich hab´ selbst das Zenec NC520 im E39. Das ist das gleiche wie das was du gefunden hast, nur im doppeldin Format. Ich würde an deiner Stelle auch lieber dieses Radio verwenden, denn ein normales einfachdin mit ausfahrbarem Monitor und einer Potthässlichen Radioblende sieht im E39 einfach nur bescheiden aus. Der Aufwand um sowas zu verbauen ist aber etwas größer und kostet auch etwas mehr da du dazu am besten das Einbauset von Janus Design verwendest (gib bei google mal Janus Design ein), aber die Optik ist es in jedem Fall wert.
Zu deiner ersten Frage: Die Anschlüsse der verschiedenen original Radios sind im Prinzip gleich und unterscheiden sich nur zwischen facelift und vorfacelift E39. Es gibt aber für beide Versionen ganz normale Adapter die du bei ebay für wenig Geld bekommen kannst. Welchen Stecker du dann hast erkennst du an den Pins. Der Vorfacelift hat runde pins und der Facelift nicht.
Zu deiner zweiten Frage: Um die original Antenne an das Zenec anzuschließen brauchst du einen Adapter. Ich weiss jetzt nicht wie man die nennt, aber die gibt´s auch massenweise bei ebay für wenig Geld. Sind so längliche Metalladapter die man in den Antennensteckplatz vom Radio steckt und dann kann man die original antenne drauf stecken. Beachte aber das die meisten E39 eine Heckscheibenantenne haben und nur original BMW Radios diese Antenne richtig ansteuern können. Du wirst also in jedem Fall einen schlechteren Radio Empfang haben als mit dem original Radio. Abhilfe gibt´s da nur mit einer neuen Antenne (Frontscheibenantenne oder so), sofern man mit dem Empfang nicht leben kann.
Zur dritten Frage: Mit den Kabeln wirst du im E39 Radioschacht keine Probleme haben, zumindest nicht bei der Doppeldin Lösung. Bei der Einfachdinlösung weiß ich es nicht, es müsste aber auch passen.
Und wegen dem CD Wechsler: Den hast du innerhalb von 5 minuten ausgebaut. Der sitzt im Kofferraum hinter der linken Verkleidung (diese kannst du einfach runterklappen) und ist mit gerademal 3 Schrauben befestigt die ganz einfach von oben zu sehen und zu erreichen sind. Dann musst du noch 2 Stecker abziehen und schon ist er ausgebaut. Die stecker kannst du einfach da liegen lassen, die stören niemanden. Oder du verwendest die Stecker um das DVBT Modul (kann man bei Zenec zum Naviceiver dazukaufen, sofern man das will), unter der Hutablage anzuschließen. Das hab´ ich auch so gemacht.
Dann viel erfolg bei der Fahrzeugsuche. Der E39 ist ein gutes Auto und das Zenec ist ein gutes Radio, da kannst du nix falsch machen :-)