Ich habe/hatte eigentlich genau das gleiche Problem bei beiden vorderen Scheiben. Habe nun den Fensterheber auf der Fahrerseite wechseln lassen und nun ist wieder alles in Ordnung. Werde wohl bei Gelegenheit auch den Fensterheber auf der Beifahrerseite tauschen lassen, denn das Knacken nervt ganz schön.
Lasse ich allerdings das Fenster mal für eine Weile zu ist nichts mehr mit Knacken bis es mal wieder geöffnet wird/wurde.