das Problem hatte ich bei mir auch recht extrem. Laß einfach die Fenster ganz runter und schmier zwischen die Dichtungen auf beiden Seiten des Fensters Fett rein. Am besten Melkfett, Vaseline oder so was. Mit der unteren Dichtung musst du aufpassen, wenn die zu fettig wird, schmiert es jedes mal das Fenster beim hoch- und runterfahren total voll. Bei mir war das quitschen danach komplett weg. Alternative ist eben Dichtung austauschen.
Ich habe das auch. Mein Autoglaser meinte, dass sei ein typisches E36-Problem. Die Halteschiene sei zu schwach dimensioniert. Deshalb sei die Scheibe locker und verziehe sich in den Führungschienen --> quietschen. Bei BMW austauschen lassen kostet nur ca. EUR 40,--. Werde das im Herbst bei mir machen lassen...