Das ist ganz einfach... wenn die Bestückung geändert wird, ist das eine andere Steuergeräte-Variante...
Es kann sogar sein, dass Dein Auto das Steuergerät 1 hat und der Wagen, der nach Deinem vom Band gelaufen ist, hat Steuergerät 2 drin. Wird z.B. ein einziger Elko ausgetauscht, z.B. gegen eine bleifreie Variante mit derselben Spezifikation, resultiert das in einem neuen HW-Stand und damit in einer neue Teilenummer. (Zwar wird normalerweise nicht nur ein einziger Bauteil ausgetauscht, aber rein theoretisch ist's so.)
Und die Antwort, warum manche M1.0, andere M1.1 und wieder andere M1.3 haben, ist auch leicht gegeben... Der E30 325i wurde schätzungsweise 7 Jahre gebaut. Anfangs ist man mit der M1.0 in Serie gegangen, aber der Wagen wurde trotzdem weiterverbessert oder "gebugfixed". Und um neue Funktionalität (vielleicht einen zusätzlichen Temperatursensor oder die Umrüstung eines Anbauteils von pneumatisch auf elektrisch) zu unterstützen, musste das Motorsteuergerät weiterentwickelt werden und man hat eben gleich ein M1.1 genommen...